El relieve de Pinar del Río descrito desde su centro, está accidentado por la Sierra de los Órganos y el extremo este constituye la Sierra del Rosario con alturas superiores a los 600 metros, ambas conforman la Cordillera de Guaniguanico, con una alineación suroeste-noroeste. Allí se localiza la Loma de Seboruco que con 671 metros es la altura máxima de la provincia. Predominan los suelos hidromórficos en las zonas costeras bajas, en el resto del territorio se combinan los ferralíticos, pardos y los poco evolucionados, ofreciendo una tonalidad agradable rojizo arenosa.

La hidrografía de Pinar del Río se caracteriza por ríos de poca longitud y caudal, como el Cuyaguateje con 112 Km de largo y 723 Km² de área.  El mismo nace en las Alturas de Pizarras del Sur en  cordillera de Guaniguanico, en los 22°26’ de latitud norte y los 83°51’ de longitud oeste, a 300 metros de altitud y desemboca en la Ensenada de Cortés en forma de delta de cúspide. Se encuentran también los ríos Hondo, Ajiconal y San Diego; existe un gran número de lagunas, entre las que se destacan Santa María, El Pesquero, Alcatraz Grande y Algodonal; los embalses principales son El Salto, La Paila y Pedernales.